Chương trình đặt ra mục tiêu khắc phục ô nhiễm, cải thiện môi trường đối với 47 làng nghề trên cả nước đang bị ô nhiễm môi trường đặc biệt nghiêm trọng bằng các biện pháp hỗ trợ xây dựng hệ thống thu gom, xử lý nước thải tập trung, hỗ trợ chuyển đổi sản xuất sang những ngành nghề không gây ô nhiễm, cải thiện môi trường khu vực trong làng nghề bị ô nhiễm sau khi đã di dời các công đoạn sản xuất gây ô nhiễm…
Bên cạnh đó, sẽ xử lý 100 khu vực bị ô nhiễm môi trường do hóa chất bảo vệ thực vật tồn lưu và thực hiện các dự án thu gom, xử lý nước thải từ các đô thị loại 2 trở lên đang xả trực tiếp ra ba lưu vực sông Nhuệ - Đáy, sông Cầu và sông Đồng Nai.