Theo các chuyên gia, nước thải từ các KCN có thành phần đa dạng, chủ yếu là các chất lửng, chất hữu cơ, dầu mỡ và một số kim loại nặng… Nếu không xử lý mà xả trực tiếp ra môi trường sẽ gây ra những thiệt hại lớn đối với sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản và ảnh hưởng đến sức khỏe người dân.
Đại tá Lương Minh Thảo, Phó Cục trưởng C49, cho biết, hiện đang tồn tại một thực trạng không ít các công ty xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN có tiến hành xây dựng và lắp đặt hệ thống xử lý nước thải tập trung nhưng không vận hành thường xuyên, thậm chí là không sử dụng, sau đó thì xả trộm ra kênh rạch khi có điều kiện thuận lợi, điều này đã dẫn đến tình trạng nguồn nước mặt luôn bị ô nhiễm nặng. Ngoài việc gây ô nhiễm từ nước thải, các KCN còn gây ô nhiễm không khí từ khí thải và tiềm ẩn nguy cơ gây ô nhiễm môi trường từ chất thải rắn phát sinh trong quá trình sản xuất. Đối với khí thải, ô nhiễm không khí ở các KCN mang tính cục bộ, tập trung nhiều ở các KCN cũ.
Nguyên nhân là do các nhà máy trong KCN sử dụng công nghệ sản xuất lạc hậu chưa đầu tư xây dựng hệ thống xử lý khí thải. Khí thải chủ yếu phát sinh trong quá trình đốt nhiên liệu tạo năng lượng cho hoạt động sản xuất và sự rò rỉ chất ô nhiễm từ quá trình sản xuất. Bên cạnh đó, khối lượng chất thải rắn từ các KCN chưa qua xử lý mà thải thẳng ra môi trường cũng đang gây ra nhiều bức xúc trong cộng đồng. Đại tá Lương Minh Thảo cho biết thêm, tình trạng ô nhiễm môi trường từ các KCN nếu không được xử lý nhanh chóng, kiên quyết thì có thể trở thành vấn đề chính trị - xã hội gây mất an ninh trật tự. Đã có tình trạng người dân tụ tập đông người, gửi đơn thư khiếu nại từ địa phương đến trung ương về vấn đề ô nhiễm môi trường.