Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp UBND TP chỉ đạo, hướng dẫn, theo dõi, kiểm tra, đánh giá việc tổ chức triển khai thực hiện Dự án “Hoàn thiện, hiện đại hóa hồ sơ, bản đồ địa giới hành chính” các cấp TP; đề xuất phương án giải quyết những điểm chưa thống nhất giữa địa giới hành chính hiện trạng quản lý với địa giới hành chính trên hồ sơ, bản đồ địa giới hành chính theo Chỉ thị 364-CT…
Cùng với quyết định thành lập Ban Chỉ đạo Dự án 513, UBND TP.HCM cũng thành lập Tổ giúp việc cho Ban Chỉ đạo Dự án 513 TP. HCM gồm 21 thành viên.