Sở TN&MT TP cho biết theo dự thảo kết luận thanh tra của Bộ TN&MT (sau đợt thanh tra vào cuối năm 2012), các doanh nghiệp ở TP.HCM chủ yếu vi phạm về hành vi xả nước thải, khí thải vượt quy chuẩn cho phép và quản lý chất thải nguy hại không đúng quy định.
Đối với vi phạm về quản lý chất thải nguy hại, theo Sở TN&MT chủ yếu là doanh nghiệp vi phạm về nơi lưu chứa chất thải không đảm bảo quy định. Cụ thể: Chủ quan là do doanh nghiệp chưa quan tâm đến công tác quản lý chất thải nên chưa phân loại chất thải, không có nơi lưu chứa, còn để rơi vãi.
Hiện nay có rất nhiều cơ quan có chức năng kiểm tra về môi trường như UBND quận, huyện, Sở TN&MT, cảnh sát môi trường các cấp, Bộ TN&MT… song vẫn có nhiều doanh nghiệp vi phạm. Điều đáng lưu ý là ngoài các doanh nghiệp chây ì không chấp hành các yêu cầu của đoàn kiểm tra, nhiều doanh nghiệp đã chấp hành nhưng vẫn bị vi phạm. Nguyên nhân là do các cơ quan khi tiến hành kiểm tra, hướng dẫn pháp luật không đầy đủ, chưa đồng bộ nên doanh nghiệp chấp hành đúng yêu cầu của đoàn này lại không đáp ứng yêu cầu của đoàn kia.