Về vấn đề quản lý nước ngầm, thời gian qua, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã tham mưu, trình Chính phủ ban hành và ban hành theo thẩm quyền các văn bản quy phạm pháp luật. Đồng thời, Bộ cũng đã chỉ đạo các địa phương, cơ quan có liên quan tập trung thực hiện các nhiệm vụ điều tra, kiểm kê, đánh giá tài nguyên nước.
Nghị định số 201/2013/NĐ-CP ngày 27/11/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật tài nguyên nước, trong đó có quy định cụ thể về việc cấp phép thăm dò, cấp phép khai thác nước dưới đất để quản lý việc khai thác, sử dụng nước dưới đất đối với các công trình thăm dò, khai thác nước dưới đất quy mô lưu lượng từ 10m3/ngày đêm trở lên; Thông tư số 27/2014/TT-BTNMT, trong đó có quy định về trình tự, thủ tục khoanh định, công bố và thực hiện việc đăng ký khai thác nước dưới đất đối với công trình khai thác nước dưới đất có quy mô nhỏ hơn 10m3/ngày đêm nằm trong các khu vực phải đăng ký khai thác nước dưới đất; Thông tư số 24/2016/TT-BTNMT quy định việc xác định và công bố vùng bảo hộ vệ sinh khu vực lấy nước sinh hoạt (trong đó có việc thiết lập vùng bảo hộ vệ sinh cho công trình khai thác nước dưới đất); Thông tư số 47/2017/TT-BTNMT quy định về giám sát khai thác, sủ dụng tài nguyên nước (trong đó có việc quan trắc, giám sát khai thác, sử dụng nước dưới đất); Thông tư số 74/2017/TT-BTNMT quy định về bảo vệ nước dưới đất trong các hoạt động khoan, đào, thăm dò, khai thác nước dưới đất. Hiện nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã trình Chính phủ xem xét, ban hành Nghị định quy định việc hạn chế khai thác nước dưới đất, trong đó, Bộ đã đề xuất quy định cụ thể, toàn diện về việc khoanh định, phê duyệt, công bố, thực hiện các biện pháp hạn chế khai thác nước dưới đất.
Ngoài ra, Bộ Tài nguyên và Môi trường cũng đã chỉ đạo các địa phương, cơ quan có liên quan tập trung thực hiện các nhiệm vụ chính sau đây: (1) Tập trung nguồn lực (nhân lực, tài chính) để đẩy nhanh tiến độ lập quy hoạch tài nguyên nước (trong đó có nội dung quy hoạch nước dưới đất) tại các địa phương; (2) Đẩy nhanh tiến độ để hoàn thành các Đề án Chính phủ liên quan đến việc bảo vệ nước dưới đất đã được phê duyệt, gồm: Đề án bảo vệ nước dưới đất các đô thị lớn (phê duyệt năm 2013) và Đề án điều tra, đánh giá việc khai thác, sử dụng nước dưới đất, tác động đến sụt lún bề mặt đất khu vực thành phố Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, Đồng bằng sông Cửu Long, định hướng quản lý khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên nước dưới đất (phê duyệt năm 2016); tăng cường công tác điều tra, đánh giá tài nguyên nước dưới đất; điều tra hiện trạng khai thác nước dưới đất; kiểm kê tài nguyên nước ở các địa phương để phục vụ công tác quản lý.