Theo đơn vị chủ đầu tư, nhà máy được xây dựng 3 giai đoạn. Trong đó, giai đoạn 2012 - 2015 giữ vai trò tiền đề cho nhà máy với việc đưa vào khai thác quy mô 220 tấn/ngày. Nhà máy được trang bị 12 dây chuyền vừa xử lý vừa tái chế, tương ứng cho 12 loại chất thải rắn nguy hại mà chủ đầu tư dự kiến như Hệ thống xử lý và tái chế bóng đèn; Hệ thống tái chế dầu, nhớt thải; Hệ thống tái chế nhựa… Bên cạnh đó, các loại chất thải đặc biệt khác như chất thải y tế, hàng hóa nhập khẩu trái phép, gia súc gia cầm nhiễm bệnh cũng được nhà máy dự kiến tiếp nhận xử lý khi đi vào hoạt động.
Theo PGS-TS Nguyễn Phước Dân, Khoa Kỹ thuật Môi trường, ĐH Bách khoa TPHCM, mỗi năm TP có hơn 700 ngàn tấn rác thải nguy hại các loại, nhưng đến nay chỉ xử lý được 1/7 trong số đó. Hiện thành phố có nhà máy xử lý chất thải rắn nhưng công suất nhỏ, không đáp ứng được yêu cầu trong thời gian tới. Nếu được triển khai sớm, nhà máy sẽ giải quyết tốt nguồn chất thải của thành phố. Tuy nhiên, hầu hết các thiết bị, dây chuyền được nhập khẩu từ nước ngoài, chủ đầu tư cần đánh giá kỹ mức độ phù hợp với các loại chất thải ở ta. Việc tái chế dầu, nhớt thải cũng cần phải xem lại bởi mức độ hiệu quả kinh tế mang lại không nhiều, chưa kể còn dễ gây ô nhiễm môi trường. Đặc biệt, chủ đầu tư chưa có phương án dự phòng nếu một khâu của hệ thống bị trục trặc. Bởi chất thải nguy hại không thể tồn trữ quá lâu.
Còn theo PGS-TS Phan Minh Tân, Giám đốc Sở KH-CN TPHCM, việc đầu tư một nhà máy kiêm hai chức năng vừa tái chế vừa xử lý sẽ mang lại hiệu quả kinh tế cao. Tuy nhiên, có một thực tế là nguồn chất thải nguy hại của thành phố được dự báo là rất nhiều nhưng không biết đường đi ra sao, nằm ở chỗ nào. “Ngoài đầu mối là các nhà máy xử lý, một phần không nhỏ chất thải này được tư nhân thu mua phục vụ tái chế nhỏ lẻ. Vì thế, nếu nhà máy đầu tư dàn trải ở cả 12 hệ thống, chuyện thiếu “nguyên liệu vào” sẽ xảy ra. Nhà máy sẽ không hoạt động đúng công suất so với dự kiến ban đầu”, PGS-TS Phan Minh Tân nhấn mạnh.